 Ouro | Total: 16 medalhas | | Modalidade | Prova | Atleta | | Luta Livre | Até 63 kg - Fem. | Kaori Icho | | Até 55 kg - Fem. | Saori Yoshida | | Atletismo | Lançamento de martelo - Masc. | Koji Murofushi | | Maratona - Fem. | Mizuki Noguchi | | Natação | 800 m livre - Fem. | Ai Shibata | | Judô | Pesado - Fem. | Maki Tsukada | | Pesado - Masc. | Keiji Suzuki | | Meio-pesado - Fem. | Noriko Anno | | Natação | 200 m peito - Masc. | Kosuke Kitajima | | Judô | Médio - Fem. | Masae Ueno | | Meio-médio - Fem. | Ayumi Tanimoto | | Ginástica artística | Por equipes - Masc. | Takehiro Kashima/Hisashi Mizutori/Daisuke Nakano/Hiroyuki Tomita/Naoya Tsukahara/Isao Yoneda | | Natação | 100 m peito - Masc. | Kosuke Kitajima | | Judô | Meio-leve - Masc. | Masato Uchishiba | | Ligeiro - Masc. | Tadahiro Nomura | | Ligeiro - Fem. | Ryoko Tani |
 Prata | Total: 9 medalhas | | Modalidade | Prova | Atleta | | Nado Sincronizado | Equipes - Fem. | | | Dueto - Fem. | Miya Tachibana/Miho Takeda | | Ginástica artística | Barras paralelas - Masc. | Hiroyuki Tomita | | Luta Livre | Até 48 kg - Fem. | Chiharu Icho | | Ciclismo | Velocidade por equipes - Masc. | Toshiaki Fushimio, Masaki Inoue, Tomohiro Nagatsuka | | Tiro com arco | Individual - Masc. | Hiroshi Yamamoto | | Judô | Médio - Masc. | Hiroshi Izumi | | Natação | 200 m borboleta - Masc. | Takashi Yamamoto | | Judô | Meio-leve - Fem. | Yuki Yokosawa |
 Bronze | Total: 12 medalhas | | Modalidade | Prova | Atleta | | Luta Livre | Galos - Masc. | Kenji Inoue | | Moscas - Masc. | Chikara Tanabe | | Beisebol | Equipes - Masc. | | | Ginástica artística | Barra fixa - Masc. | Isao Yoneda | | Luta Livre | Até 72 kg - Fem. | Kyoko Hamaguchi | | Softbol | Equipes - Fem. | | | Ginástica artística | Cavalo com alças - Masc. | Takehiro Kashima | | Natação | Revezamento 4x100 m medley - Masc. | Tomomi Morita/Kosuke Kitajima/Takashi Yamamoto/Yoshihiro Okumura | | Vela | 470 - Masc. | Kazuto Seki/Kenjiro Todoroki | | Natação | 200 m costas - Fem. | Reiko Nakamura | | 200 m borboleta - Fem. | Yuko Nakanishi | | 100 m costas - Masc. | Tomomi Morita |
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