Nise ficou afastada do serviço público até 1944, quando foi readmitida para trabalhar no Hospital Psiquiátrico Pedro 2º (anos depois rebatizado com seu nome, funcionando até 2021). Tratamentos novos na época, como a lobotomia e o eletrochoque, eram aplicados nos pacientes. Contrária ao uso desses procedimentos, Nise enfrentou colegas e superiores e buscou alternativas.